由于箱式站长期在户外运行，其运行状况受环境因素影响较大，特别是对一些小容量的箱式站来说，经常会碰到箱体内受潮、进水、壳体发生锈蚀现象，对箱式站内的电气元器件的性能造成不利影响，使之不能正常运行，达不到设计要求的免维护年限目标。国内一些企业为了解决防水问题，采取了一些措施，如箱体顶部制成“＾”形、加装密封圈密封和采用节流法等。箱体顶部制成“^”主要是为了便于顶部排水；密封圈密封是静密封方法之一，主要通过密封面之间的弹性变形达到密封要求。此方法的密封效果与密封面结构及密封圈本身的材质有关，日晒雨淋后材质比较差的密封圈易随时间的推移而变质老化，失去原有弹性，失效而起不到密封作用。密封圈的结构差，泄漏量就大，改进结构可以提高密封效果，但生产厂家的制造工艺及过程控制将更加复杂；节流法是通过引导水流经过小孔或缝隙，在流股与壁面间出现涡流，消耗水流动能，使之大部分转变为热能而散失，从而有效地降低雨水的侵袭力。缺点是制造工艺上较难保证可靠的节流空隙，而且孔隙会因吊装等原因变形增大，导致实际防水效果较差。
箱式站一般为全密封无人值守运行，虽然全部设备无油化运行，但是箱体内仍然存在火灾隐患，如：电缆、补偿电容器等一旦突发火灾，不利于通风，也不利于火灾的扑救。因此应考虑设计自动灭火系统，并加装防火、烟雾报警装置。当发生设备起火时，报警铃立即长鸣，并同时将信号发至中央控制室，启动自动灭火系统将火扑灭。
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