FPAA的配置内存包括一个影子RAM，它有助于最大限度地缩短配置时间，从而使包含FPAA在内的信号链的干扰最小。配置的更改可能会完全改变模拟阵列的内部资源分配，或者可能只是改变一个参数。利用膝上型电脑的串行端口对该评估板进行操作时，一种无效的配置更变--只是将现有电路和参数设置重新装载到部件中--大约会引起110毫秒的中断（图7）。装入来自嵌入式处理器或共驻PROM的配置数据的设备可以优化配置过程，从而进一步缩短装入时间。
图7 在这一开发环境中利用膝上型电脑来配置FPAA会使信号处理中断大约110毫秒的时间。
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