如果你发现波形与设计规则检查给定的结果不匹配(例如：DRC给1.2伏特的过冲，但是波形有小的振铃)，大概因为用于反射分析的输出节点不是DRC报告的最坏节点。
除了执行反射和串扰分析，还可以执行一个信号完整性效果的网络筛选，例如过冲、延迟、阻抗等等。网络筛选产生类似电子表格的结果表，可以快速查出有问题的网络。执行网络筛选，要指定许多网络(如果需要可选全部)，按Net Screening按钮。当筛选结果出现，使用工具条上按钮控制所要显示的内容(阻抗、电压等等)，按下列名按结果类型显示。
七、可以在PCB中修改元件封装。
操作步骤：
①增加焊盘，将焊盘设置为被选中状态；
②将需要增加的元件恢复原始图素；
③选ToolsCovertAdd Selected Prmitives to Component；
④提问要增加焊盘的元件，确认即可。
八、建立新的PCB器件封装
由于硬件厂家发展速度非常快，器件的不断更新，我们经常需要从库里增加器件封装，或增加封装库。Protel99 SE提供了很好的导航器，帮助我们完成器件的添加。
根据文件产生PCB封装库
打开“LCD Controller.ddb”设计数据库，选中“LCD Controller.pcb”并打开。在“Tools”下选择“Make Libray”，建立一个新库文件“LCD controller.lib”,所有PCB中的器件封装被自动抽取出来，保存在库文件中。在这个新库文件中建立18器件封装，点击左侧导航树上的“Browse PCBlib”,可以浏览这个库里现有的元件，创建一个新的元件选择“Tools”下的“New Component”，弹出一个器件封装模板，按照提示，可以迅速生成一个我们需要的器件封装。
九、 生成GERBER文件
在我们将所有设计完成之后，需要把PCB文件拿到制版厂家去做印制版。如果厂家有Protel 98 或Protel 99 ，我们可以用Protel 99SE中“FileSave as选择存储文件格式为3.0，然后导出 PCB文件给厂家。如果厂家没有这两种版本文件，需生成“GERBER”给厂家。具体操作如下：
首先我们打开一个设计好的PCB文件“Z80 MICroprocessor.ddb”设计数据库中的“Z80 Processor board.pcb”文件，选择“File”主菜单下的“CAM Manager”，
按照输出导航，可以方便的生成光绘文件和数控钻孔文件。
所有输出文件被保存在“CAM Manager”文件夹下。
光圈文件的后缀为“*.APT”,GERBER文件的后缀为“*.G*”,钻孔文件的后缀为“*.DRR”和“*.TXT”。将所有文件导出到一个指定目录下，压缩后即可交给印制板厂生产。
如果我们想看生成的GERBER文件是否正确，请用导入的方法可以打开每一层文件。
十、打印预览
在Protel 99SE中我们可以观看打印效果，通过\FilePrint/Preview控制打印参数，修改打印结果。可以在打印预览中任意添加层或删除层。
十一、3D显示
点击\VIEWBoard in 3D选项，可以看到设计板的三维图形，并且可以任意旋转、隐藏元件或字符等操作。
十一、强大的输入输出功能
用Import可以读取Orcad(*.max)、P-CAD PDIF(*.PDF)、AutoCAD(*.DWG,*.DXF)文件。并且，新增与CCT公司的接口。
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